Международный центр экспериментальной археологии и инновационной педагогики «Кара-Тобе» расположен на берегу Черного моря, вблизи греко-скифского городища (предположительно древней крепости Евпаторион), на котором с 1983 г. ежегодно проводятся археологические раскопки.
«Кара-Тобе» в переводе с тюркского означает «черный холм», название закрепилось за этим местом во времена владычества крымских ханов. Но уже в IV в до н.э. здесь существовала греческая усадьба. В I пол. II в. до н.э. усадьба захватывается скифами и превращается в скифский поселок, который в конце I в. до н.э. завоевывают войска понтийского царя Митридата VI Евпатора. На месте поселка строится крепость и размещается гарнизон. После смерти царя греко-понтийские войска покидают Крым. Возрождается скифский поселок, просуществовавший до конца I в. н.э.
Музей «Кара-Тобе» разместился в помещениях бывшего объекта береговой обороны Черноморского флота. Оставленные военными помещения были капитально отреставрированы, и в 2000 г. на базе раскопок был создан Международный центр экспериментальной археологии и инновационной педагогики «Кара-Тобе». Большинство экспонатов музея составляют археологические находки из раскопок городища и скифского некрополя. Хорошей сохранности греческая чернолаковая и краснолаковая посуда, «мегарские» чаши тонкой работы. Рядом представлена скифская керамика, женские украшения, вооружение скифских войнов.
Греко-скифское городище Кара-Тобе постепенно превращается в одно из популярных мест экскурсионного показа в Западном Крыму. Летом на базе центра работает лагерь юных археологов.